Att lära sig vattna rätt är kanske den svåraste delen av bonsaiodling.
De flesta bonsaier dör av antingen övervattning eller torka. Bonsaier går inte att vattna efter ett schema. Vattnar man en bonsai tillsammans med övriga blommor en gång i veckan kommer den med största sannolikhet torka och dö. Vattnar man för ofta kan jorden bli för blöt vilket leder till rotröta. Det är viktigt att jorden får möjlighet att torka upp mellan vattningarna, givetvis ska den inte vara snustorr, utan lätt fuktig. Att lära sig när trädet behöver vatten är oftast det som är knepigt. Men genom att lära sig se vissa signaler blir det lättare. När jordytan börjar ändra färg och torkar upp är det oftast dags. Man kan även lyfta på krukan och kämna på vikten. En torr kruka känns lätt, en blöt känns tung. Ytterligare en metod är att ha en blompinne nedstucken i jorden, ta upp den med jämna mellanrum och känn på den. Börjar den kännas torr är det dags att vattna. Under sommaren är daglig vattning ett måste och mycket små träd kan behöva vatten flera gånger om dagen.
Använder man en riktigt väldränernade jordblandning är det i princip omöjligt att övervattna eftersom överskotts vattnet snabbt rinner ur krukan.
Att vattna med rätt metod är också viktigt. I Japan finns ett talesätt som lyder: “På en bonsai regnar det alltid två gånger”. Det innebär i praktiken att man börjar med att fukta jorden, vänta sedan en stund och vattna sedan rikligt. Vatten ska då rinna ur dräneringshålen i botten på krukan. Har man många träd går man först runt och fuktar jorden på samtliga innan man vattnar rikligt, har man bara ett fåtal träd väntar man några minuter mellan vattningarna. På det sättet hinner jorden bli fuktig och suger lättare upp vatten. Använd en kanna med fin stril så att jorden inte sköljs bort. Vil man vara säker på att trädet blir genomvattnat (tex efter en omplantering eller under en het sommardag) kan man sänka ner den i en balja med vatten. Låt vattnet gå upp till krukans kant. Nackdelen med denna metod är att jordblandningen kan skikta sig och jorden kan bli kompakt. Dessutom riskerar sjukdomar sprida sig om samma vatten används till flera bonsaier.
Vanligt kranvatten går utmärkt att använda till bonsai. Däremot är det lämpligt att tappa upp det på en tunna eller i en dunk, få träd gillar att bli vattnade med iskallt kranvatten. Har man tillgång till regnvatten är det oftast det bästa, speciellt till surjordsväxter som azalea.